APODU posee una gran capacidad para implementar acciones puntuales y establecer alianzas estratégicas con diversos actores a escala municipal y nacional, entre los que se destacan los gobiernos, ONG (ambientalistas y de desarrollo), centros académicos y organizaciones de consumidores.

Ha implementado alianzas estratégicas para:

• La defensa de la producción orgánica junto a ONG ambientales y de desarrollo, el municipio y otros actores gubernamentales (ministerios e institutos de investigación) y no gubernamentales (cooperativas y organizaciones de consumidores) privilegiando la consolidación de la Red de Agroecología y desarrollando acciones para evitar la liberación de eventos transgénicos;
• La comercialización de productos orgánicos junto a las organizaciones de consumidores, las ONG y el gobierno municipal gestionando una Feria semanal, un sistema de canastas a domicilio y una Ecotienda, un espacio permanente de venta directa ubicado en un punto céntrico de la ciudad.;
• La investigación, junto a organismos públicos y ONG buscando mejorar el control de plagas y la gestión social de semillas,
• El establecimiento de un sistema de certificación participativo junto al gobierno nacional, los consumidores y la cooperación internacional.

Las estrategias desarrolladas se vinculan a tres ejes:

• El establecimiento de alianzas con los consumidores a través de la comercialización y el fortalecimiento de GACPADU, la organización que los agrupa, para la difusión de las ventajas del consumo de productos orgánicos, la comercialización sin intermediarios y la certificación participativa.
• Defensa de los pequeños agricultores orgánicos promoviendo la mejora de sus ingresos y el control sobre su producción con sistemas de venta directa a través de canastas, una feria semanal y la Ecotienda,
• Creación de un entorno favorable para la producción orgánica, promoviendo nuevos marcos legales y normativos que limiten la liberación de eventos transgénicos y el uso de agrotóxicos, y promuevan la certificación participativa; y fomentando la creación de espacios interinstitucionales como la Red de Agroecología.

Aunque con distinto éxito, las principales alianzas y estrategias de APODU le han permitido incidir políticamente transformándose en un referente institucional que es frecuentemente consultado. En lo que respecta al funcionamiento y organización, APODU ha promovido un proceso de descentralización con base a regionales que busca reforzar su relación con distintos actores locales entre los que se encuentran los consumidores, técnicos y ONG, junto a los productores.