IPES ejecuta programas para la adecuada gestión del agua con el fin de garantizar su captación y mejorar su almacenamiento, disponibilidad y distribución. Para ello, busca ampliar el acceso y cobertura a un agua potable de calidad, así como mejorar el comportamiento de la población con respecto a su uso. Asimismo, aporta a la buena gestión del saneamiento en tanto trabaja para garantizar el acceso a las redes de alcantarillado, la recolección y tratamiento adecuado de aguas residuales (grises y negras). Esto comprende también acciones de apoyo para el reúso seguro de las aguas tratadas y los lodos en la mejora, recuperación y ampliación de áreas verdes.